Атри: Мои дорогие моменты - Это история молодого парня Нацуки Икаруга, ми его приключений в новых реалиях мира. Планета Земля изменилась навсегда. Из-за огромной мировой катастрофы поднялся уровень воды настолько, что суши практически не осталось. Лишь некоторые верхушки высоких гор, а где-то небоскребов, остались, как все остальное погибло. Казалось бы, что люди должны были погибнуть, но нет. Многим удалось выжить, и даже спустя года появилось новое поклонение молодежи. Они обрели более оптимистичный взгляд на новое положение дел на планете, и теперь не просто выживают, а полноценно живут, наслаждаясь ем, что есть.
И в этом мир живет Нацуки Икаруга, он не застал мир до наведения, но с интересом изучает эту тему. Ну и посещает разные руины прежней цивилизации, а именно, верхушки небоскрёбов где-то в океане. И в одном из таких странствий он находит странную девочку по имени Атри, которая на первый взгляд кажется обыкновенным подростком. Однако, после пристального общения и изучения оказывается, что она совершенный андроид человеческого облика. Она имеет чувства и эмоции, и не угасающий позитив во всем, желание познания нового, но совершенно ничего не помнит о своем прошлом. Нацуки решает помочь девушке больше узнать о том, кто она такая, и они вместе начинают свое путешествие.